填埋的垃圾并没有进行无害化处理残留着大量的细菌、病毒；还潜伏着沼气重金属污染等隐患；其垃圾渗漏液还会长久地污染地下水资源，所以这种方法潜在着极大危害，会给子孙后代带来无穷的后患，其主要缺点如下：

（1）占地面利大，使得城市规划不能合理利用资源，若占地面积小，则达不到处理生活垃圾的效果。 

（2）甲烷的产生，垃圾填埋之后，造成厌氧的环境，然后就会有甲烷气体产生，如果填埋场过小的话，产生甲烷气体不能用来发电，只能直接烧掉，如果有未烧掉的甲烷其产生的温室效应是二氧化碳的二十多倍。

（3）潜在的环境污染问题：现代垃圾填埋场普遍都做了HDPE膜的防渗结构，所以垃圾填埋过程中产生的渗滤液一般是不会渗漏出去，但是不排除很多垃圾填埋场由于施工或者管理的原因，导致渗沥液流到周遭环境中，高COD加之各种重金属离子，对环境还是有一定危害的。